The Plant Journal | 南京农业大学/贵州农科院发布鸭儿芹高质量基因组，助力伞形科花青素生物合成机制解析
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阅读： 2024/1/25 9:30:34
鸭儿芹（Cryptotaenia japonica）是一种传统的药食两用蔬菜作物，以其诱人的风味和保健功能而闻名。作为伞形科的一员，鸭儿芹的进化轨迹和生物学特性尚不清楚。
近日，南京农业大学园艺学院熊爱生教授团队联合贵州省农科院园艺研究所谭国飞副研究员在the Plant Journal在线发表了一篇题为The high-quality genome of Cryptotaenia japonica and comparative genomics analysis reveals anthocyanin biosynthesis in Apiaceae的研究论文，该研究基于鸭儿芹的基因组和比较基因组学分析揭示了伞形科的花青素生物合成。
该研究首次报道鸭儿芹的高质量基因组，总长度达427MB，N50长度50.76MB，被锚定在10个染色体上，并通过染色体（细胞遗传学）分析得到证实。比较基因组分析显示鸭儿芹基因冗余低，含有较高比例的单拷贝基因家族。进一步在伞形科物种中通过同源块、Ks值和同源性分析表明鸭儿芹缺乏近期物种特异性的全基因组复制事件。
通过伞形科物种的比较基因组和转录组分析，研究人员进一步揭示了鸭儿芹花青素合成的遗传基础。该研究还鉴定了不同物种中参与花青素生物合成途径的结构基因和转录因子基因。CjANSa、CjDFRb和CjF3H基因可能是Cjaponica_2.2062（bHLH）和Cjaponica_1.3743（MYB）的靶标。
综上，该研究提供了高质量的鸭儿芹参考基因组，并为伞形科进化和生物学提供了新的见解，并为未来的研究和应用提供了宝贵的科学支持。
原文链接：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.16628
本文转载自植物代谢研究
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