现在做单细胞测序还能发10分+高分文章吗？

• 阅读： 2022/3/24 13:43:30

  今天跟好几位老师聊起，做了单细胞测序，现在发高分文章还好发吗？还能发到什么层次的杂志？

  讨论得出的结论是：现在少样本量的纯粹的单细胞转录组测序，很难再发表高分文章了。

  除非是：

  1、大样本量的大规模单细胞测序。比如，构建出比较完整且系统的组织/疾病图谱（几十万个细胞级别的），再比如，对某个疾病的分期/亚型/组织器官的不同发育阶段，能描绘一系列变化趋势的完整图谱。但这个花费巨大，如果没有雄厚的经费支撑，很难完成这样的工作，一般课题组玩不起。

  2、时空多组学的组合搭配。

  比如，单细胞+空间转录组，能同时做到空间分布和单细胞分辨率。这两者联用的具体实验设计和应用思路，详见下文分析。再比如，同一个细胞的转录组和ATAC，同时分析差异表达以及差异表达的原因（上游转录调控）。

  现成高分思路，必看：单细胞+空间转录组，这套思路够你用到2022！

  3、更新的技术红利的加持。新的技术突破，必然带来新的科学问题的解决方案。比如，也许10XGenomics等公司未来会开发出更高通量的单细胞技术，比如做到100万个细胞/run；更高空间分辨率的visium技术，比如4um/spot；更大的捕获区域和更高的spot密度，比如15000个spots/area；更多的应用场景，比如FFPE样本也能够实现空间转录组检测。（以上仅个人臆测，一切以10X官方通告为准，让我们拭目以待吧）

  4、深入的功能机制研究。下游该做的验证、功能、机制都做，比如FCM/FISH/RNAscope/IF/Confocal/KO or KD...，并且也都得到比较理想的结论。

  当然，以上只是个人经验，并不完整，仅供参考。

  好了，今天就策到这吧。

  有想法的需要抓紧了。

   

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