单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图

• 阅读： 2022/3/29 16:20:30

  1、密度图

  Nebulosa是一个基于核密度估计的R软件包，用于可视化单个细胞的数据。做密度图可视化的一个重要的作用是，可以筛选鉴定某些基因双阳的细胞群。可以看到，我们能够看到CD4阳性的细胞、CD8阳性的细胞，还能显示双阳的细胞在哪，可以说是对seurat的一个拓展，还是比较实用的。

  #安装包

  BiocManager::install("Nebulosa")

  #加载R包

  library(Nebulosa)

  plot_density(immune, "CD4")

  plot_density(scedata, c("CD4","CD8A"),joint = TRUE)

  2、等高线图

  这个图本身并没有啥太大的意义，完全是之前有人问我见到文章中有这个图如何做，只需要加等高线即可。

  color <- c('lightgrey', 'blue','seagreen2')

  FeaturePlot(scedata, features = "LUM", cols = color,

              pt.size = 1.5)+

    stat_density_2d(mapping=aes(x=UMAP_1, y=UMAP_2),

                    linemitre = 20)

  至此，我觉得对于单细胞基因可视化的方式已经是很全面了，按照自己的风格和需要进行作图，应该是很完美了。

   

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