收录超过三万种通路的神仙工具，70%的通路这里都是独一份！

• 阅读： 2022/3/30 10:35:05

  SMPDB是一个交互式的可视化数据资源库，包含了超过3万种发现于人体中的小分子通路。其中70%的通路为该数据库独有，在其他数据库中无法找到。

  SMPDB

  网址：http://smpdb.ca/

  SMPDB是专为支持代谢组学、转录组学、蛋白质组学和系统生物学中的路径阐明和路径发现而设计的。所有的SMPDB通路都包括有关器官、亚细胞室、蛋白质-趶复合物辅因子、蛋白质-趶复合体位置、代谢物位置、化学结构和蛋白质-趶复合体四级结构的信息。

  所有的SMPDB路径都附有详细的描述和参考，提供了每个图中描述的路径、条件或过程的概述。

  用户可以使用代谢物名称、药物名称、基因/蛋白质复合体名称、SwissProt ID、GenBank ID、Affymetrix ID或Agilent微阵列ID的列表查询SMPDB。

  这些查询将生成匹配路径的列表，并在每个路径图上突出显示匹配的分子。

  其中，通路中每个小分子都可链接到附有详细说明的HMDB(http://hmdb.ca/)或Drugbankk(http://drugbank.ca/)，每个蛋白复合物或酶也均与UniProt(http://www.uniprot.org/)超链接。

  还可以通过SMP-U接口可视化蛋白质和代谢物浓度。

  网站的pathway绘图系统还可以对特定通路途径上调或者下调的物质进行标记；最后，所有的标记分析结果也可以一键下载。

  SMPDB还提供了所有图像、图像映射、代谢物参数，通路图的矢量图、以及纳入的序列相关信息和表格的下载。大家还可以在离线的形式下对上述过程进行二次开发。

  如有侵权，请联系本站删除！ 

  
  

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