超好上手的高分生信文章复现！我不允许你还不知道！

• 阅读： 2022/4/1 17:21:56

  
  

  前段时间，橘子解读了一篇发表在《Molecular Therapy》上探究乳腺癌异质性的文章，在这篇文章中，作者联合分析bulk水平数据及单细胞水平的数据，探究了乳腺癌在能量代谢上的异质性，将乳腺癌分为两个亚型（文献详解丨Bulk多组学联合单细胞转录组分析揭示了乳腺癌的代谢异质性）。崔哥在看完橘子划的重点“划重点：非自测！非自测！非自测！”之后，直呼高明，必须为这类非自测+仅配套简单实验的生信类+高分+有创新性+可复现的文章打call——复现它！！！

  接下来请欣赏我们基于泛凋亡相关基因联合bulk数据和单细胞数据探究其他疾病异质性复现的部分结果示例：

  （1）基于泛凋亡分类器，可以将肿瘤分为两种亚型

  （2）对分类器的准确性进行验证

  （3）不同聚类分型的差异

  （4）cluster1中关键基因鉴定

  （5）恶性细胞是导致异质性的关键

  （6）肿瘤微环境中恶性细胞和非恶性细胞的差异

  （7）肿瘤微环境中免疫细胞群间的差异

  总结

  上述结果仅是本次复现结果的冰山一角，在对整个复现工作进行复盘时，橘子不得不感慨，人家发高分必须是有原因的，纯粹从分析内容的角度看：首先，整体工作量比很大，需要进行尝试的地方较多；其次，生信分析果然和做实验一样，最终能放在文章中的，仅仅是成功了的结果，失败的实验结果在你看不见的地方。为了增加成功的概率，我们对可复现疾病的可用数据进行了筛选.

   

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