复现Nature子刊图表：气泡图展示相互关系|

• 阅读： 2022/5/6 15:24:43

  原创 TS的美梦 KS科研分享与服务 2022-05-02 10:07

  首先祝各位五一劳动节快乐呀！

  今天做的是一副《nature microbiology》的气泡图，图比较简单，但是展示的内容可以是各种，我暂时想的是---（1）可以用这个气泡图展示两组变量的相关系数，相关性，气泡大小表示相关大小。（2）基因或者蛋白之间的互作，点的大小代表互作的强弱。（3）受配体关系的展示。可能还是有更多的用处，发挥自己的想象，总有用武之地。

  文章图片如下：

  （Reference：Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish）

  就直接作图吧，比较简单，之前我们做过很多气泡图，这个也不是难事！

  setwd("E:/生物信息学/互作点图")

  A <- read.csv("相互点图.csv", header = T,row.names = 1)

  library(forcats)

  A$B <- as.factor(A$B)

  A$B <- fct_inorder(A$B)

  library(ggplot2)

  ggplot(A,aes(x=B,y= A,color=A)) +

  geom_point(aes(size=Value)) +

  scale_size(rang = c(0,10)) +

  scale_x_discrete(position = "bottom" ,expand=c(0.2,0))+

  labs(x=NULL,y=NULL)+

  theme_bw()+

  theme(axis.text.x=element_text(angle=90,hjust = 1,vjust=0.5),

  panel.border = element_blank(),

  axis.text =element_text(size = 12, color = "black"),

  axis.ticks = element_blank())+

  scale_colour_manual(name ="other", values =c('#efb306',

  '#eb990c',

  '#e8351e',

  '#cd023d',

  '#852f88',

  '#4e54ac',

  '#0f8096'))+

  guides(color=F)

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